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南京中医药大学是国家 “双一流” 建设高校，在全国中医药院校中稳居前三，综合排名在国内94–166 位区间（依榜单不同）。
一、国内综合排名（2025–2026）| 榜单 | 年份 | 全国排名 | 备注 |
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| 软科中国大学排名 | 2025 | 94 | 首次进百强 | | 校友会中国大学排名 | 2026 | 126 | 5★中国一流大学 | | 武书连 | 2025 | 166 | — | | 金平果 | 2025 | 159 | — |
二、中医药类院校排名（2025）| 榜单 | 排名 |
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| 软科中国中医药大学排名 | 第 3 名 | | CNUR ABC 中医药大学排名 | 第 3 名 | | 校友会中医药类排名 | 第 4 名 |
前三格局：
- 北京中医药大学
- 上海中医药大学
- 南京中医药大学
三、世界排名（2025）
- 软科世界大学学术排名（ARWU）：世界第 492 名，中国第 100 名
- 全国中医药大学首位，唯一连续 6 年上榜的中医院校
- ESI 国际排名：世界第 1078 名
- US News 世界大学：1271 名
四、核心学科实力
- 双一流建设学科：中药学（A 类）
- 2025 软科专业排名：
- 全国第 1：中药资源与开发、中医康复学、养老服务管理
- A+：中药学、中药制药、医学信息工程
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